В зависимости от особенностей почвенного слоя различают несколько типов пустынь: песчаные, глинистые, солончаковые, каменистые. Песчаные пустыни покрыты рыхлым, легко развеваемым ветрами грунтом. Здесь нередко образуются подвижные скопления песка — барханы, возникают пыльные бури. Глинистые пустыни отличаются плотным грунтом. В низменных участках появляются ровные, сухие, твердые площадки без растений, которые при высыхании растрескиваются на небольшие многоугольники, так называемые такыры. В солончаковых пустынях грунт пропитан солями, которые вмываются в него в результате сильного испарения воды, приносимой редкими дождями. Каменистые пустыни покрыты щебнем и камнями, образующими россыпи.

Каждому типу пустынь свойственны свои виды растений. В песчаных пустынях произрастают растения с прерывистым развитием: весной они образуют бутоны и цветы, на время летней засухи переходят в стадию покоя, с тем чтобы поздней осенью принести плоды. В глинистых пустынях поверхность покрывается растениями двух типов: однолетниками-эфемерами и многолетниками-эфемероидами, которые цветут и плодоносят ранней весной. Причем эфемеры к лету засыхают и погибают, а эфемероиды образуют запасы питательных веществ в луковицах, клубнях и корневищах, которые используют на следующую весну. В солончаковых пустынях произрастают преимущественно галофиты, или солянки. В каменистых пустынях растения встречаются в промежутках между камнями и щебнем и отличаются неприхотливостью. Весной здесь развиваются эфемеры.

Одно из самых оригинальных растений пустыни — саксаул (белый и черный), который растет всегда в сообществе с другими растениями на закрепляемых ими песках, образуя заросли. Под действием ветров пески в пустынях перемещаются с места на место, постепенно засыпая поля, дороги, каналы, проникают на территорию поселений, угрожая благополучию оазисов. С этим злом ведут борьбу при помощи растений-песколюбов, которые способны противостоять засыпанию их песком благодаря развитию придаточных корней и побегов, проникающих в толщу песка и закрепляющих их на месте.

В некоторых местах пустыни заросли песколюбов образуются естественным путем, в других местах пески закрепляются искусственным насаждением соответствующих растений. Наибольшее практическое значение имеют саксаулы. С одной стороны, они являются активными закрепителями песков, с другой — лучшим топливом в условиях безлесной пустыни.

Саксаулы не боятся соленых грунтовых вод, хорошо переносят засуху, так как лишены листьев и тем самым мало испаряют влаги. Их древесина настолько плотная, что не тонет в воде. Стволы достигают высоты 7—8 м, приближаясь к древовидному состоянию. Совместно с саксаулами на песках растут песчаная акация (высотой до 7 м), древовидная солянка — черкез (высотой до 3 м), злак селин (высотой до 1 м), кустарник джузгун (с корневищами длиной до 30 м) и др. В промежутках между ними пески покрываются травами — песчаной осокой, полынью, различными злаками.

Саксауловые заросли в пустынях Средней Азии и Казахстана занимают общую площадь до 20 млн. га, из них 50% приходится на Казахстан.

В качестве приспособлений, защищающих растения пустынь от излишнего испарения, у одних (сухолюбов) развиваются сокращенные листовые пластинки, у других — безлистные зеленые побеги, у третьих вместо листьев образуются колючки. Некоторые пустынные растения (суккуленты) обладают сочными побегами с запасом влаги.

Большую часть года (кроме весны) в пустынях отсутствует сплошной травянистый покров: растения расположены далеко друг от друга, а в промежутках просвечивает голая почва, площадь которой больше, чем площадь, занятая растениями. Однако есть в пустыне места с богатой растительностью. Вдоль крупных рек (Амударьи, Сырдарьи, Или), в низовьях рек (Волги, Урала, Эмбы), по берегам озер (Челкар, Балхаш) и Аральского моря тянутся так называемые тугаи. Это — непролазные чащи деревьев, кустарников и трав, обвитых лианами. На десятки километров простираются заросли бамбукового и сахарного тростника и других злаков. Здесь обитают представители особых видов тугайной фауны (см. ниже).